Des chercheurs britanniques ont reconstruit le génome de bactéries du microbiote grâce à des méthodes informatiques. Ils ont ainsi découvert dans l’intestin humain près de 2.000 nouvelles espèces de bactéries qui n’avaient pas encore été cultivées en laboratoire.

Interview : le microbiote intestinal, allié indispensable du système immunitaire  Le microbiote intestinal regroupe l’ensemble des microbes présents dans notre intestin. Il permet un bon fonctionnement ainsi qu’une certaine protection du côlon. Gerard Eberl, responsable de l’unité Micro-environnement & Immunité à l’Institut Pasteur, nous en dit plus au cours de cette interview. 

Notre intestin est peuplé de milliers de micro-organismes qui forment le microbiote et jouent un rôle important dans la digestion et l’immunité. Certaines pathologies, comme des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, sont associées à un déséquilibre de la flore intestinale. Mais beaucoup de ces bactéries sont encore méconnues car il est compliqué de les cultiver au laboratoire. D’où l’idée d’utiliser la bio-informatique pour identifier de nouvelles espèces dans le microbiote intestinal.

C’est ce qu’explique, dans un communiqué, Robert Finn, l’un des auteurs de cette recherche : « Les méthodes informatiques nous permettent de comprendre des bactéries que nous ne pouvons pas encore cultiver en laboratoire. Les chercheurs sont maintenant à un stade où ils peuvent utiliser une gamme d’outils informatiques pour compléter et parfois guider les travaux de laboratoire, afin de découvrir de nouvelles perspectives sur l’intestin humain. »

Cette étude, parue dans la revue Nature, a été effectuée par des chercheurs de l’Institut européen de bio-informatique (EMBL-EBI) et du Wellcome Sanger Institute. À partir de 11.850 microbiomes d’intestins humains, les chercheurs ont reconstruit plus de 92.000 génomes, grâce à la métagénomique.

Des micro-organismes difficiles à cultiver au laboratoire

Les chercheurs ont ainsi identifié 1.952 nouvelles espèces de bactéries, qui n’avaient pas été cultivées. Environ la moitié de ces espèces ne pouvaient pas être classées dans des genres déjà connus. Ces nouvelles espèces augmentent d’une manière considérable le nombre d’espèces connues dans l’intestin humain, même si ces espèces étaient peu fréquentes dans les intestins bien étudiés.

Les auteurs notent également que cette analyse métagénomique du microbiote a aussi mis en évidence des génomes appartenant à des organismes non-bactériens et qui mériteraient d’être étudiés : virus, archées et eucaryotes.

L’étude s’est aussi intéressée aux différences régionales dans la flore intestinale. « Nous constatons que de nombreuses espèces bactériennes identiques apparaissent dans les données provenant des populations européennes et nord-américaines. » D’après le chercheur, les quelques données disponibles sur d’autres populations d’Amérique du Sud ou d’Afrique, ont révélé une diversité absente des autres populations. Mais les informations sur la flore intestinale d’habitants d’Amérique du Sud, d’Asie ou d’Afrique sont encore insuffisantes.

Ces résultats améliorent nos connaissances sur les micro-organismes qui peuplent les intestins des habitants d’Amérique du Nord et d’Europe. De telles données pourraient, à l’avenir, aider à mieux diagnostiquer et traiter des maladies liées au microbiote intestinal.

Ce qu’il faut retenir

  • Des chercheurs britanniques ont utilisé des outils informatiques pour reconstruire le génome de bactéries du microbiote intestinal humain.
  • Ils ont ainsi découvert près de 2.000 nouvelles espèces qui n’avaient pas été cultivées.
  • Si le microbiote intestinal de populations européennes et nord-américaines est bien étudié, les données manquent pour d’autres régions du monde.
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