Covid-19 : course contre la montre pour enrayer la propagation du nouveau variant britannique – Le Monde

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Les ambulances devant le Royal London Hospital dans l’est de Londres le 5 janvier 2021.

Avec l’arrivée d’un premier vaccin contre le Covid-19, la lueur semblait enfin au bout du tunnel, et la fin de l’épidémie à portée de main. Mais, pour de nombreux scientifiques, il ne fait aucun doute que l’émergence d’un variant plus contagieux du SARS-CoV-2 risque bien de retarder la sortie de crise.

« Il sera très difficile de bloquer sa diffusion et il faut le plus vite possible protéger les personnes les plus vulnérables, à commencer par les plus de 75 ans », estime Arnaud Fontanet, épidémiologiste à l’Institut Pasteur et membre du conseil scientifique Covid-19. « Nous sommes engagés dans une véritable course contre la montre », martèle-t-il, en soulignant que ce « VoC 202012/01 », comme il a été baptisé, circule déjà depuis plusieurs semaines en France.

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Signalé en septembre 2020 en Angleterre, ce nouveau variant s’est d’abord diffusé à bas bruit, avant de prendre de l’ampleur jusqu’à devenir dominant en décembre dans plusieurs régions. Le 19 décembre, le Royaume-Uni a tiré la sonnette d’alarme et, en France, le ministère de la santé dit avoir déployé un « système de détection et de surveillance » du variant britannique.

« Il faut espérer qu’il y aura une inertie dans le démarrage de la diffusion de ce clone en France. Mais on n’aura pas les trois mois que l’Angleterre a eus : il faudra aller plus vite, prévient Arnaud Fontanet. Je pensais qu’on en voyait le bout, mais cette émergence va rendre très complexes les premiers mois de 2021. »

« Frapper tôt et fort »

Pour éviter de se retrouver dans la situation de l’Angleterre, contrainte dans l’urgence à un reconfinement drastique, il « faut frapper tôt et fort », estime l’épidémiologiste. Des mesures locales, voire nationales, plus strictes que les couvre-feux en vigueur pourraient être nécessaires pour contrer une troisième vague, « en attendant le retour des beaux jours », moins favorables à la circulation du virus.

Problème, la France n’a pour l’instant pas la qualité du réseau de surveillance du Royaume-Uni, qui utilise massivement le séquençage des génomes viraux, seul outil à même de repérer les évolutions inévitables du virus. Grâce à l’initiative COG-UK (pour Covid-19 Genomics UK), les universités et hôpitaux britanniques ont ainsi apporté 146 000 des 322 000 génomes de la base de données mondiale Gisaid, au 5 janvier. Contre 2 900 pour la France.

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Néanmoins, une découverte fortuite du Centre national de référence (CNR) de Lyon a permis de pallier cette carence. En septembre, ses chercheurs remarquent que plusieurs virus répondent anormalement à un test PCR classique. Ces tests repèrent trois gènes particuliers du virus. Mais, dans leurs cas, seuls deux gènes sont identifiés et pas le troisième. Cela est dû à l’absence, ou délétion, de deux acides aminés, les constituants des protéines, dans la partie qui sert au virus à infecter les cellules : les numéros 69 et 70.

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